vayamos por partes : segun el esquema en pdf del arduino del cual pusiste el enlace :
http://arduino.cc/en/uploads/Main/Ar...-schematic.pdf
IOH o POWER son 2 de los conectores o tiras de pines que hay en la placa. Efectivamente, los GND son comunes a toda la placa y a todos los conectores.
Aref sólo se utiliza para poner una tensión de referencia en caso de que selecciones ( EXTERNAL ), tiene que ser una tensión muy estable y precisa, sino vas a leer cualquier cosa menos lo que te interesa. En caso de las otras selecciones ( DEFAULT ) o (INTERNAL) se seleccionan 5V o 1,1V ( referencia interna disponible en el propio chip).
valores de R1 y R2 para utilizar vref = 5V ( DEFAULT):
R1 12V : 3K24 1%, 24V: 7K5 1%, 48v: 16K2 1%
R2 1K 1% en todos los casos
Supongo que no se explicarme muy bien, pero no sé más.
El hecho de poner una tensión de referencia u otra, por ejemplo trabajar a 5V de referencia, ni és más complicado ni más sencillo que trabajar a otra, como por ejemplo la de 1,1V. Ya mencioné los pros de esta última.
Ten en cuenta que , al programar el chip de Arduino, al realizar la lectura del ADC no te va a dar voltios directamente, nunca, sólo te dará un numero comprendido entre 0 y 1023. Tendrás que aplicar el factor de escala, tanto si trabajas a vref de 5V, 1,1V o XX,X V, si o si.
En cualquiera de los casos, la formulita para obtener la tensión real en voltios, sería:
V = ( Nadc * Vref * ( R1 + R2)) / ( R1 * 1024)
de donde Nadc es el valor leído del registro interno del conversor AD del chip del arduino, Vref es la tensión de referencia que has seleccionado y R1 y R2 son los valores de las resistencias del puente divisor.
Posteriormente habría que aplicarle un filtro digital para eliminar el ruido 'eléctrico' propio de la señal de entrada y de los conversores, pero eso ya es arena de otro costal.