OSC, no indicas si vas a utilizar colectores de placa plana o de tubo de vacío. En estos últimos puedes aumentar la inclinación del absorvedor sin modificar la colocación de los tubos (se pueden girar internamente para modificar la inclinación absoluta, aunque los tubos estén siguiendo la inclinación del tejado). Si está pensando en los de placa plana tienes poca inclinación para el invierno.
Con respecto al tema de duplicar elementos de la instalación, vamos a ver si hay alguna forma eficaz para no tener que hacerlo.
Vas a tener dos sondas en colectores: una en una de las baterías y otra en la otra batería. No sé si existe alguna central de regulación que permita dos sondas de colectores (pero seguro que existe, consulta con algún fabricante o mira por internet), de ser así, mediante una sola bomba que se pusiese en funcionamiento cuando una de las dos sondas le dijese a la central de regulación que la temperatura en paneles supera a la del acumulador, y con una válvula de tres vías motorizada que hiciese que el fluido pasase por la batería de colectores que tiene energía que dar (o por las dos, en caso de que las dos la tengan), tendrías resuelto el problema.
Creo que los tiros pueden ir por ahí para no tener que duplicar circuitos, aunque la solución más sencilla sería con dos circuitos totalmente independientes que calentasen el mismo acumulador.
Saludos
Vísteme despacio, que tengo prisa