drexler, menudo lio estas montando para una cosa tan sencilla!.
En cada trimestre solo puedes poner los IVA Devengado y Deducible generados en dicho trimestre.
El IVA que has pagado durante el trimestre 1º deberias haberlo apuntado el la declaracion del trimestre 1º; si no lo hiciste asi, podrias hacer una
Declaracion Complementaria de IVA (corrigiendo la anterior, que supuestamente hizo el promotor de tu primera huerta); alternativamente, puedes incluir esos pagos del 1er trimestre con los del 2º en la declaracion del 2º trimestre (rezando tambien para que no te digan nada

).
Te puedes bajar los formularios e instrucciones aqui:
http://www.agenciatributaria.es/AEAT...300/mod300.pdf http://www.agenciatributaria.es/AEAT.../instr_300.pdf
Asi pues, para un trimestre cualquiera deberas:
.- Poner en la casilla [01] el importe de la electricidad vendida, en tus otras instalaciones.
.- En la casilla [02] indicar el tipo impositivo (16%).
.- En la casilla [03] el IVA repercutido en esas operacioones ([01]*[02]).
.- El resultado de [03] lo arrastraras a la [21].
.- En la [22] deberas poner el importe de IVA de las inversiones (u otras facturas en las que hayas pagado IVA).
.- El resultado de [22] lo arrastraras a la [28].
.- En la [29] deberas poner la resultado de [21] - [28], que tambien se arrastra a la [31].
.- En la [32] va la cuota de IVA del trimestre anterior,
si fue negativa.
.- En la [35] se hace la resta de [31] - [32].
.- El resultado [35] se arrastra a la [37], salvo que haya habido una declaracion complementaria, en cuyo caso se hace [35] - [36].
.- Si la [35] es negativo no pagas nada pero tienes que rellenar el apartado
Compensacion(4).
.- Si la [35] es positiva, es lo que tienes que pagar y rellenar el apartado
Ingreso(7).
.- Si decides hacer una declaracion complementaria del 1er trimestre, deberas seguir las instrucciones anteriores y rellenar el apartado
Complementaria(8), asi como la casilla [36] en la declaracion del trimestre 2º.
.- En la declaracion de 4º trimestre, si la [37] es negativa, deberas rellenar el apartado
Devolucion(6).
En la explicacion anterior estoy suponiendo que tu caso es "uno mas", pero si ademas tienes "Recargos de Equivalencia", "Adquisiciones Intracomunitarias", "Importaciones", "Regularizaciones", "Tributacion conjunta en las Diputaciones Forales", etc, etc, seguramente necesites acudir a un Gestor

.
Respecto a
hacer declaraciones telematicas, eso "esta muy bien", pero pienso que mejor cuando se haya aprendido a hacerlas en papel. Con un poco de buena voluntad y un impreso parcialmente relleno, en la ventanila de la Agencia Tributaria te solucionaran los ultimos detalles.
Saludos.