Lo primero es darse de alta de IAE, y no hay ningún costo por ello, en una respuesta anterior da la impresión q hay q pagar. No es así.

Antes de emitir ninguna factura lo primero darse de alta de la actividad, y así, como bien te dicen no habrá problema ninguno para justificar las facturas.

Eso si, a aprtir del alta de IAE, estas obligado a las declaraciones trimestrales de IVA e IRPF ( pueden ser negaticas o cuota cero, pero hay q hacerlas). No de Impuestos Especiales. De impuestos especiales tendrás obligación como bien dices cuando te inscribas y pidas el Cae, etc.