Yo hice la misma pregunta y me contestaron esto:

Las alegaciones son gratis y se pueden presentar en cualquier registro público en el que te pongan sello de entrada en tu copia. Es mejor tener el sello de entrada para luego poder demostrar que estas alegaciones han sido presentadas.

Respecto a los registros, por ejemplo en cualquier administración de la AEAT te tienen que admitir las alegaciones y ponerte el sello de entrada con nº de registro.

Espero que te sirva.

Creo que las direcciones tambien estan en el foro, voy a revisar los comentarios a ver si las encuentro.
Saludos